Vào thời cổ đại, vùng lãnh thổ Eritrea hiện nay thuộc về vương quốc Aksum rồi đến vương quốc Ethiopia. Vùng này thuộc quyền kiểm soát của Đế quốc Ottoman vào thế kỷ XVI. Năm 1889, lãnh thổ này bị Italia xâm chiếm và trở thành thuộc địa Italia theo Hiệp ước Uccialli. Người Italia đặt tên cho thuộc địa này theo tên biển Đỏ bằng tiếng La tinh, More Erythraeum. Thực dân Italia lấy nơi đây làm căn cứ xuất phát để xâm lược Ethiopia vào các năm 1896 và 1936.

Năm 1941, quân Đồng minh giải phóng Ethiopia. Eritrea thuộc quyền kiểm soát của quân đội Anh.

Năm 1952, Eritrea trở thành quốc gia liên bang tự trị thuộc Ethiopia và bị sáp nhập hoàn toàn vào Ethiopia năm 1962. Từ năm 1961, Mặt trận Giải phóng Eritrea phát động các cuộc đấu tranh vũ trang. Do sự chi phối của người Hồi giáo, phong trào này phân chia thành Mặt trận Giải phóng Eritrea và Mặt trận Giải phóng Dân tộc Eritrea năm 1970.

Sau khi Tổng thống Mengistu của Ethiopia bị lật đổ, chế độ mới ở Ethiopia chấp nhận nguyên tắc trưng cầu ý dân về quyền tự quyết Eritrea giành được độc lập năm 1993. Từ năm 1998, xung đột biên giới giữa Eritrea và Ethiopia gia tăng lên tầm mức của một cuộc chiến tranh, gây tổn thất lớn: cả hai đất nước nghèo khổ này đã tốn hàng triệu USD để mua máy bay chiến đấu và vũ khí. Khoảng 80.000 người bị chết và nhiều người phải đi tị nạn. Eritrea bị thất bại trước quốc gia láng giềng hùng mạnh và đông dân hơn, một Hiệp định hòa bình được ký kết vào tháng 12 năm 2000. Liên Hiệp Quốc đã triển khai hơn 4.000 quân tiếp tục giám sát vùng đệm giữa hai nước.

Tháng 4 năm 2002, một ủy ban về biên giới quốc tế đã giải quyết những tranh chấp biên giới giữa hai nước.

Hiện nay, Eritrea vẫn duy trì hoạt động gìn giữ hoà bình của Liên Hợp Quốc, và khu vực biên giới chung dài 25 km với Ethiopia. Một uỷ ban Quốc tế, được thành lập để giải quyết cuộc xung đột biên giới đã công bố những kết luận của mình nhưng việc phân định ranh giới lần cuối vẫn chưa được thực hiện do sự phản đối từ phía Eritrea.

Trong cuộc bầu cử đầu tiên sau khi giành độc lập vào năm 1993, Isaias Afewerki đã đắc cử với 95% số phiếu ủng hộ.